事業
持続的利用調査等事業
捕鯨業が安定的に実施されるために必要な鯨類資源の適切な管理と持続的利用を推進することを目的とした事業
新技術開発事業
目視調査を補完し効率的・効果的な鯨類資源の管理方法に資する新たな調査研究技術の開発（音響調査や環境ＤＮＡ等）を実施
寄鯨調査事業
鯨類科学調査によって得られた有用な科学的データ（年齢・性成熟情報・妊娠率等）を補完するために、日本各地の座礁鯨類について生物調査を実施し、科学的データの収集分析を行う
円滑化実証事業（沿岸海域のうち調査分析事業）
捕鯨業の効率的・効果的な操業形態を確率するために、捕獲鯨体の生物調査、解体時の血水処理などの捕鯨業の抱える課題の改善や、自動操業監視システムの研究開発など
鯨資源調査事業
目視調査等の非致死的調査による鯨資源の分布量及び系統群や回遊行動等の生態学的情報を収集、解析
ＤＮＡ検査事業
流通段階にある鯨製品を購入して、ＤＮＡ分析することにより鯨種及び個体識別を行う
ＤＮＡ登録事業
定置網でひけ鯨等の混獲があった場合、報告者より持ち込まれたサンプルを分析し、登録の上報告者へ分析結果の連絡を行う
賛助会
当研究所の目的と活動に賛同を得た法人及び個人からの会費から成り、年４回発行される機関誌（鯨研通信）等を賛助会員へ発送する